「ASINアップロードを行った際に、処理速度が以前より明らかに遅いです。処理件数は2500件程度ですが、丸1日程掛かります。」

アマゾンのMWSの通信制限によるものと考えられますので、今後の販売実績等で処理速度も上がっていくと思われます。

次のようなエラーが出る場合があります。
<Message>You exceeded your quota of 60.0 requests per 1 hour for operation Products/2011-10-01/GetMatchingProduct.  Your quota will reset on Sun Jan 28 08:07:00 UTC 2018</Message>

エラーの趣旨は「１時間当たり60のリクエストを越えました」というものであり、
この為１時間に 60品目（＝1日当たり1440品）しか処理できません。

このエラーは新規アカウントの方が出る可能性が高いようです。
販売実績を積めば、制限は緩くなると思われますので、処理速度も上がっていくと思われます。

また、PA-API を取得することで処理速度が向上しますので、今後の取得を検討していただければと思います。
（PA-APIがあれば、1時間で10000品ぐらいの情報取得が出来ていた実績があります。）