ゴッドハンドで出品した場合は、セラーセントラルで設定している配送設定は無視されるという理解でよろしいでしょうか?

いいえ。

セラーセントラルで設定している配送設定の「デフォルトの配送パターン」が適用されます。

なお、will ship internationallyの欄で「2」を選択した場合でも、全世界一律で米国向けの送料が適用されます。