『GodHand Amazonの自動価格更新設定で、各国にチェックが入っているのですが、
実際には、1つの国しか自動価格更新が実行されていないようなのですが、
チェックを入れて、更新ボタンでは足りないでしょうか？』

自動更新の実行時間を同じ時間に設定していませんか？

US : 0,12
CA : 0,12

こんな設定をしている場合、USしか実行されません。

US : 0,12
CA : 1,13

こんな感じで実行時間をズラしてください。
また、ズラした後も、実行されるかは監視してみてください。

※更新実行時間になっても別の更新が実行されている場合はスキップされます。