「なぜ、InventoryLoaderファイルに商品リストが出力されないのか分かりません。
ゴッドハンドで出力されたファイルについての質問になります。
①「InventoryLoader0000.txt」は1行目の項目名のみで商品リストがありません。②「0000JPのみAsin.txt」と③「0000US出品者なし.txt」は、商品リストがあります。」

0000JPのみAsin.txt、0000US出品者なし.txt のデータが拾えているなら、エラーでも不具合でもありません。

InventoryLoader0000.txt ファイルが空ということは、出品に該当するASINが見当たらないというツールの判断です。

設定条件、ASINの抜き方など、いろいろ試してみてください。