自動更新時に商品数が減る現象がございました。
MWSから情報を取れない状況で更新作業を止めずに処理完了することが原因でした。
MWSの商品APIのGetMatchingProductオペレーションで情報をスロットルエラーで取得できない時に、
エラーを発生させ処理を停止するように仕様変更いたしました。
「エラーが発生しました。国 jp/us Matching Productが取得できません」
このエラーが発生した時は、スロットルが回復するまでエラーが出た国のMWSを数時間使わないようにしてリトライしてみてください。