ゴッドハンドは、自動更新がスタートする時点で、設定情報を確認します。

自動更新がスタートした後にブラックリスト等の設定を更新した場合、
すでに実行中の自動更新には反映されません。

また、在庫情報も、自動更新がスタートした時点でAmazonから情報を取得しています。
自動更新実行中にAmazonのセラーセントラルで商品情報を削除しても、在庫が復活する可能性はあります。

ブラックリストに登録しても削除されない場合、
出品したくない商品がブラックリストで出品除外されているか、
単品のASINリストをアップしてテストをしてみてください。