InventoryLoaderファイルでadd-deleteが「x」で出品されなかった商品は、 自動更新処理がされた際に、自動的に出品されることはあるのでしょうか? (例えば、ゴッドハンドの設定条件を変更し、変更した条件と合致した場合などにおいて)

いいえ、ありません。

add-deleteが「x」でAmazonにアップされた場合、「x」=「削除」ですのでAmazonからは削除されます。

自動更新の対象商品の情報は、Amazonのセラーセントラルからダウンロードしてきますので、Amazonに登録されていない商品は出品も更新もされません。