ゴッドハンドの設定条件で、EMSで発送する場合と、そうでない場合、
上乗せする送料の金額が変わってきます。

EMS発送の商品は、EMSの送料が商品代金に上乗せされて出品価格となります。

そこにさらにEMSの送料は乗せる必要は無いですよね？（戦略的に敢えて乗せる場合は別ですが）

EMS発送商品の場合の送料と、
そうでない商品の送料を分けて設定できるようにしているのはそのためです。